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微生物菌剂是微生物肥料的一种微生物肥料在使用过程中对提高土壤生物肥力、防治根系病害、提高产品质量有显著作用。然而，一些用户报告说效果是不稳定的。同一批次的品种用于不同的作物。，在不同时期、不同剂量下效果差异较大。经过调查发现，不稳定效果是由于产品本身的问题，以及储存运输和用户使用的问题造成的。由于使用者使用不当，造成微生物肥料效果下降的现象十分普遍。农民对微生物菌剂肥料使用中存在哪些错误，主要反映在概念和使用方法上。

砂土地要大量增施生物有机肥，提高土壤有机质含量，改善保肥能力。由于砂土通气状况好，土性暖，有机质容易分解，施用未完全腐熟的有机肥料受影响比粘土地要小。有条件的地区可种植耐瘠薄的绿肥，以改良土壤理化性状。微生物菌剂施入土壤后，有益微生物在土壤中迅速繁殖，会产生多种对作物有益的代谢产物。这些代谢产物可刺激或调控作物生长，使作物健壮，达到增产目的。不仅给作物生长提供所需的NPK和中微量元素外，还能为作物提供有机质和有益微生物活性菌。除此之外，微生物菌剂中的一些还可以分泌一些刺***等以刺激作物生长，使作物健壮，营养状况得到改善

微生物菌肥含有大量有益微生物，能分解有机残体，形成土壤腐殖质，改善土壤结构和理化性状，可将植物不能吸收的物质转化为有效养分，供植物吸收利用。肥料进入土壤后，微生物在有机质、无机营养元素、水分、温度的协助下大量繁殖，减少了***微生物群体的生存空间，生物菌可诱导植物的过氧化物酶、多酚氧化酶、葡聚糖酶等参与植物对***微生物的防御反应。施用复合微生物肥料，作物生长健壮，增强作物的抗病能力，从而增加了土壤有益微生物菌的数量，微生物菌产生大量的有机酸可以把多年沉积在土壤中的磷钾元素部分溶解释放出来供作物再次吸收利用，长期使用后土壤将会变得越来越疏松和肥沃。

化肥的大量使用，还造成土壤的有益菌、蚯蚓的大量。化肥的长期低效施用，往往造成土壤中某些元素的过分积累和土壤理化性质的变化及环境的污染。从中国大量使用化肥看，越使用化肥，地力就越下降，就越依赖化肥，由此形成循环。化肥中不含有机质、腐殖质，因此大量使用化肥，土壤由于有机质和腐殖质的缺乏，土壤团粒结构遭到***，造成土壤板结，农植物产量下降。